Las ONGs llevan varios años batallando con el Ayuntamiento para que cumpla sus compromisos en relación a las ayudas de cooperación al desarrollo. En diciembre de 2006 la federación aseguró a LA RAZÓN de Sevilla que el Consistorio tenía paralizados más de 100 proyectos debido a la deuda de casi dos millones de euros que mantenía con las asociaciones desde 1995. El impago estaba afectando a varios planes educativos que el colectivo iba a poner en marcha inmediatamente en Honduras, Perú y Bolivia. Además, criticó que el Ayuntamiento continuaba sin donar el 0,7% del presupuesto a las ONGs.