Hijo y nieto de banqueros, dirigía la entidad desde 1986

Heredero de la tradición financiera de su familia, su abuelo y su padre fueron presidentes del Banco Santander, comenzó a dirigir esta entidad bancaria en 1986 y fue el artífice de su expansión internacional.

Licenciado en Derecho y Economía por la Universidad de Deusto, a los 24 años ingresó en el Banco Santander, donde ocupó los puestos de apoderado de los servicios centrales y de subdirector general.

Consejero del Banco Santander desde 1960, cuatro años más tarde fue nombrado director general y en 1971 fue elegido vicepresidente segundo del consejo de administración de la entidad financiera.

Miembro de la Comisión Ejecutiva del Banco Santander desde 1964, fue designado consejero delegado en 1977.

El 19 de noviembre de 1986 fue nombrado presidente del Banco Santander y se convirtió en uno de los pocos gestores financieros que además de asumir la presidencia de la entidad, era su principal ejecutivo y máximo accionista. Su gestión se ha caracterizado por su estrategia en el mercado internacional y por un proceso de fusiones y adquisiciones nacionales para conseguir el liderazgo de la banca española.

La expansión internacional del Santander se realizó a través de alianzas y adquisiciones con la Royal Bank of Scotland, el banco estadounidense First Union y el Abbey National Bank. Además de inversiones en bancos de Latinoamérica.

Respecto a la gestión en el ámbito nacional, en 1989 fue un innovador al lanzar una cuenta de alta remuneración que propició la competencia de los grandes bancos.

En 1994 el Banco Santander adquirió en subasta el Banco Español de Crédito (Banesto) y en 1999 se fusionó con el Banco Central Hispano Americano, acuerdo que dio lugar al Santander Central Hispano, denominado posteriormente como banco Santander. Actualmente es el tercer banco del mundo por beneficios y el séptimo por capitalización bursátil.

Emilio Botín ha sido reconocido en varias ocasiones como el financiero español más influyente de la última década y en 2001 fue distinguido con la Medalla de Oro de la Universidad de Cantabria.

La revista estadounidense Forbes considera que su fortuna alcanzaba los 1.100 millones de dólares (846 millones de euros) en 2011. En 2012 obtuvo unas ganancias de 3 millones de euros, un 32 por ciento menos que en 2011. Su fondo de pensiones alcanza los 25 millones de euros.

Estaba casado con Paloma O'Shea Artiñano y tiene seis hijos.