El propio Códice recoge castigo de excomunión a quien lo robe de la catedral

En el escrito de Inocencio II, el entonces papa dice que se trata de un manuscrito "auténtico y digno de aprecio"y advierte de excomunión y anatema "a todos los que pudiesen molestar a sus portadores en el camino de Santiago o a los que lo lleven o roben de la basílica del Apóstol después de que allí esté ofrendado".

Aunque el Códice Calixtino está considerado como la primera guía del Camino de Santiago, solo el quinto de los cinco libros y un apéndice que lo compone está realmente referido a la ruta jacobea.

Así, en el primer libro se recogen sermones y homilías no escritas ni pronunciadas para Santiago, sino aplicadas a él, así como algunas de las peripecias que sufrían los peregrinos, las trampas y picaresca de falsos mendigos o posaderos inmorales o de las meretrices que se les ofrecían en el Camino.

El segundo libro habla de 22 milagros atribuidos a Santiago; el tercero es relativo a la traslación del cuerpo del Apóstol a Compostela y el cuarto da cuenta de algunas de las batallas de Carlomagno.

El quinto libro es el conocido como la primera guía turística del Camino Francés, donde se hace una muy precisa enumeración de los lugares, aguas y características de los pueblos y sus gentes, da recomendaciones sobre los santuarios que deben visitarse y describe la ciudad de Santiago y su catedral.

El apéndice tiene, en opinión de López Díaz, un gran interés cultural porque, entre otras cosas, incluye cantos a dos y tres voces, que representan el conjunto polifónico más antiguo de la historia de la música.