Fisabio e IBV-CSIC monitorizan la transmisión de coronavirus en España

El equipo de investigación del Servicio de Secuenciación de la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica (Fisabio) lleva analizadas desde que comenzó la pandemia 6.500 muestras de pacientes diagnosticados de Covid-19 procedentes de casi medio centenar de hospitales de referencia de toda la geografía nacional. Personas expertas del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) y del Hospital General de Alicante también están secuenciando el genoma del virus.

En total, la Comunitat Valenciana lleva analizado el 88 por ciento de todas las muestras que se estudian en toda España en el marco del Consorcio SeqCOVID-España para seguir la transmisión y el movimiento del virus a escala nacional, así como para conocer sus variantes.

La monitorización del virus comienza con la toma del exudado nasofaríngeo del/la paciente, que sigue dos caminos. El más conocido es el diagnóstico de si la persona tiene o no la COVID 19, pero un porcentaje suficientemente representativo de esas muestras viaja también hasta los laboratorios de secuenciación masiva.

Este viaje se enmarca en el proyecto SeqCOVID, liderado por el investigador Iñaki Comas, del IBV-CSIC, junto con el investigador Fernando González Candelas, responsable de la Unidad Mixta Infección y Salud Pública Fisabio-Universitat de Valencia.

“Vamos leyendo el genoma del virus en pequeños fragmentos y luego, gracias al manejo de herramientas bioinformáticas por parte de Giuseppe D’Auria, los juntamos como si fuera un puzle. A partir del genoma completo, reconstruimos el ‘árbol genealógico’ del virus. Sabiendo el grado de parentesco de los virus de los diferentes pacientes, podemos conocer si tienen un origen común”, explica Paula Ruiz, SARS-CoV-2 project manager en el Servicio de Secuenciación de la fundación Fisabio, que dirige Llúcia Martínez Priego.

Esta secuenciación genómica, combinada con información epidemiológica (los contactos de la persona infectada o por dónde se ha movido, por ejemplo), es capaz de proveer de información valiosa a las autoridades de Salud Pública para que puedan adoptar medidas de control de la transmisión del virus.

Se trata de información útil, por ejemplo, para saber si la transmisión del coronavirus es local o comunitaria, identificar eventos de superdispersión (aquellos donde la mayoría de gente no transmite el virus, pero unos pocos infectados son capaces de contagiar a un gran número de personas), rastrear la ruta que está siguiendo el virus, cómo está mutando o si las nuevas variantes pueden comprometer la eficacia de las vacunas.