Hacía solo 25 días que la sublevación militar había fracasado y muy pronto las cárceles de Jaén estuvieron repletas de detenidos, lo que obligó a convertir la catedral en prisión. En ella se hacinaban más de 800 detenidos, acusados de simpatizar con la rebelión militar, a los que se iban a sumar los detenidos por las tropas del general Miaja en Adamuz. 

La noche del 30 de julio medio centenar de presos fueron linchados en la cárcel de Úbeda por una violenta multitud que había asaltado la prisión. Este suceso llevó al gobernador civil de Jaén Rius Zunón, consciente de su incapacidad de frenar a una turba de milicianos sedientos de sangre, a hablar con Pedro Villar Gómez, director general de Prisiones, para trasladar a los detenidos de Jaén por ferrocarril a la prisión de Alcalá de Henares. Para el traslado se organizaron dos trenes que debían partir hacia Madrid los días 11 y 12 de agosto de 1936. Entre los trasladados no había militares y civiles directamente vinculados al golpe de estado, sino personas señaladas por los regidores de los municipios de Jaén por su adscripción ideológica derechista y por ser católicos más los detenidos en Úbeda.

El 11 salió el primer tren con 322 presos escoltados por medio centenar de guardias civiles y milicianos. Embarcaron en la estación de Espeluy llegando a Madrid al día siguiente. Durante el viaje el tren fue recibido en cada parada por masas de exaltados frentepopulistas, siendo algunos de los detenidos atacados y amenazados por las turbas congregadas en los andenes, aunque el tren logró llegar a la estación del Mediodía de Madrid con todos sus presos vivos. Al salir de la estación camino de Alcalá de Henares el tren fue detenido por los ferroviarios anarquistas de la estación de Atocha. En esta estación se había fundado una checa de la CNT integrada por ferroviarios aragoneses liderados por Eulogio Villalba Corrales. En octubre de 1936 esta checa se mudaría al nº 9 de Príncipe de Vergara.

Once de los presos, principalmente terratenientes y figuras prominentes de la derecha jienense, fueron sacados del convoy por los milicianos a las órdenes de Villalba Corrales para ser llevados a una tapia cercana y asesinados. Los restantes 311 presos lograron llegar a la prisión de Alcalá de Henares. Entre estas 11 víctimas se encontraban: José Cos Serrano, presidente de la Federación Provincial de Labradores de Jaén y antiguo diputado del Partido Agrario; León Álvarez Lara, diputado por el Partido Agrario; Carmelo Torres Romero, jefe local de Falange en Jaén; dos sacerdotes y dos monjas.

La noticia del primer convoy de presos en tren llegó desde Jaén a Madrid enviada por diputados socialistas. Tras el fracaso parcial del primer asalto al primer tren se produjo la preparación concienzuda de la segunda y más mortífera matanza.

El segundo tren partió de Jaén el 12 de agosto con 245 presos escoltados por 50 guardias civiles a las órdenes del alférez Manuel Hormigo Montero. Esta vez el tren evitó su paso por Atocha para no caer los presos en manos de Villalba Corrales y sus milicianos.

En el tramo de vía de la estación de Santa Catalina-Vallecas un grupo de milicianos anarquistas paró el convoy y desenganchó la locomotora. El jefe de estación y el alférez Hormigo, que mandaba la escolta del convoy, hablaron por teléfono con el Director General de Seguridad, Manuel Muñoz Martínez, informándole que los anarquistas habían parado el tren y les apuntaban con tres ametralladoras a la altura de El Pozo del Tío Raimundo. Manuel Muñoz ordenó a los guardias civiles que abandonasen a los presos a su suerte. Luego se justificaría diciendo que «la poca autoridad que aún conservaba el gobierno se vendría abajo si las exiguas fuerzas de orden público acababan siendo arrolladas en un enfrentamiento con el pueblo armado». Una vez se retiraron los guardias civiles los milicianos comenzaron a ejecutar con total impunidad a gran parte de los presos que transportaba el tren. Lo que ocurrió, según declaró el superviviente Andrés Portillo Ruiz bajo juramento en la Causa General, fue lo siguiente:

“Entonces como ya estábamos en poder de los rojos, estos pusieron el tren en marcha con dirección a Alcalá de Henares, pasado en ésta línea el apeadero de Santa Catalina, hay un sitio que se llama ‘POZO DEL TIO RAIMUNDO’ donde paró el tren y bajando a los detenidos por la cabeza del tren de 10 en 10 no sin antes quitarles todo cuanto a ellos se les figuraba de valor...”

Continua la Causa General:

“Venían de Jaén unos trescientos detenidos, prensados en el tren. Cerca ya de Madrid, en Villaverde, se apoderaron de ellos los milicianos del pueblo, a pesar de los cuarenta guardias civiles encargados de su custodia, y comienzan allí mismo el fusilamiento más feroz e inhumano en grupos de veinticinco, sin indagar sus personas ni delitos. Hay tristes escenas de padres, que presencian la muerte de sus hijos y viceversa. El Obispo de Jaén, Excmo. E Ilustrísimo Sr. Don Manuel Basulto, cae de rodillas exclamando:

- Perdona, Señor, mis pecados y perdona también a mis asesinos:

Esto es una infamia, exclama su hermana Teresa, yo soy una pobre mujer.

-No te apures, se le contesta, a ti te matará una mujer.

Y acto seguido, se adelanta una desgreñada miliciana llamada Josefa Coso “La Pecosa”, que la sacrifica allí mismo a sangre fría. Cuando faltaban unos cuarenta, se adelanta del grupo Leocadio, joven de 19 años, y, encarándose con el jefe de milicias, le dice que él responde con su vida de todos los del grupo remanente (...) El feroz mandamás suspende las ejecuciones amenazándole:

-¡Ay de ti, si me engañas! Llevad a éstos a Vallecas y que demuestren su inocencia”.

Leocadio Moreno logró escapar de aquellos fusilamientos junto con 40 compañeros gracias a mostrar un carnet de estudiante y alegando pertenecer a los socialistas universitarios. Diez días después Leocadio volvió a burlar a la muerte durante su estancia en la cárcel Modelo haciéndose pasar por un preso común, para terminar combatiendo en el bando republicano durante toda la guerra.

Pero la historia completa según la documentación existente es la siguiente:

“El tren, que fue desviado de su trayectoria a Madrid y llevado a una vía o ramal de circunvalación hasta las inmediaciones del lugar ya mencionado del Pozo del Tío Raimundo. Rápidamente empezaron los criminales a hacer bajar del tren tandas de presos, que eran colocados junto a un terraplén y frente a tres ametralladoras, siendo asesinados el Excelentísimo e Ilmo. Sr. Obispo y el Vicario General Don Félix Pérez Portela. La hermana del Sr. Obispo, que era la única persona del sexo femenino de la expedición, llamada doña Teresa Basulto Jiménez, fue asesinada individualmente por una miliciana que se brindó a realizarlo, llamada Josefa Coso “La Pecosa”, que disparó su pistola sobre la mencionada señora, ocasionándola la muerte; continuando la matanza a mansalva del resto de los detenidos, siendo presenciado este espectáculo por unas dos mil personas, que hacían ostensible su alegría con enorme vocerío. Estos asesinatos, que comenzaron en las primeras horas de la mañana del 12 de agosto de 1936, fueron seguidos del despojo de los cadáveres de las víctimas, efectuado por la multitud y por las milicias, que se apoderaron de cuantos objetos tuvieran algo de valor, cometiendo actos de profanación y escarnio y llevando parte del producto de la rapiña al local del Comité de Sangre de Vallecas, cuyos dirigentes fueron, con otros, los máximos responsables del crimen relatado.(Copia literal del Libro: La Causa General. Páginas 177-178)”.

Según el testimonio de Ángel Aparicio Alonso, que en la Modelo convivió con algunos de los supervivientes de los trenes de Jaén, afirma que le “contaron el caso del sacerdote al que torearon y mataron con un estoque, como si de un toro se tratara”.

El 12 de agosto fueron asesinados 193 entre los que se encontraban el obispo de Jaén Manuel Basulto Jiménez, su hermana, el marido de esta y el vicario general de la diócesis jienense Félix Pérez Portela. Todas las víctimas fueron enterradas en dos zanjas abiertas junto a las tapias del cementerio de Vallecas. En la década de 1940 fueron sus restos trasladados a la cripta de la Iglesia del Sagrario de la catedral de Jaén.  En la catedral de Jaén se encuentran varias lápidas de mármol con casi todos los nombres de los asesinados en el Pozo del Tío Raimundo. Sus asesinos no fueron perseguidos ni condenados por estos crímenes por la autoridades republicanas. Cuando el gobernador civil de Jaén se enteró de lo ocurrido, desolado ante los asesinatos perpetrados, presentó su dimisión.

Los 40 supervivientes de la masacre del Pozo del Tío Raimundo terminaron ingresados en la Cárcel Modelo de Madrid. Muchos de ellos serían asesinados unas semanas después en Paracuellos del Jarama.

Esta matanza provocó que buena parte de la sociedad internacional empezase a considerar que la Republica Española había dejado de ser un Estado de Derecho con legitimidad para reclamar la solidaridad de las democracias occidentales.

El jueves 11 de marzo de 2004 Madrid sufrió el más trágico atentado terrorista de su historia con 191 muertos y más de 1.500 heridos, en varios trenes cerca de las estaciones de El Pozo del Tío Raimundo, Santa Eugenia y Atocha. El 13 de abril de 2019 tuvo lugar un homenaje en el Cementerio del Este a las víctimas del franquismo en Madrid, organizado por el colectivo Memoria y Libertad,  en el que se recordó al anarquista juzgado y fusilado en 1939 Villalba Corrales.