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Variantes Covid

La identificación genómica de las nuevas cepas se retrasa en España

Nuestro país tardará al menos 60 días en secuenciar los casos positivos para alcanzar el pírrico objetivo del 1%

Un científico de los laboratorios Bioscientia señala una imagen de la cepa británica secuenciada KAI PFAFFENBACHREUTERS

El descubrimiento de las denominadas «variantes de preocupación» (VOC), la británica, la surafricana y la brasileña que, según las investigaciones, suponen «un aumento de la gravedad de la infección, con un mayor riesgo de muerte, que se observa en todos los grupos de edad», está cambiando las reglas del juego.

Aunque secuenciar el genoma del virus ha sido uno de los objetivos desde el inicio, no estaba en los primeros puestos de la lista mundial de prioridades. Pero no porque no fuera el modo más efectivo y avanzado de determinar su evolución y poder actuar en consecuencia, sino porque se trata de un área que requiere de una logística muy costosa, tanto por la tecnología como por la formación del equipo humano.

Excepto Reino Unido, líder mundial en secuenciación, donde se analizan el 10% de las muestras positivas, el resto de los países están muy por debajo del objetivo que ha marcado la Comisión Europea: al menos al 5% de los casos positivos—y, preferiblemente, el 10%. España, donde se secuencia entre el 0,5 y el 1%, es el cuarto país en la lista, precedido de Reino Unido, Estados Unidos y Dinamarca.

De hecho, ha pasado más de un mes desde que se conociera la existencia de la variante británica (VOC B.1.1.7) y, según los datos oficiales del Ministerio de Sanidad, se han identificado 350 casos en nuestro país y estiman que los casos sospechosos “pueden suponer entre un 5 y un 10% del total de confirmados”. En el mismo tiempo, en Reino Unido se han identificado 250.000 casos, confirmando estos días que uno de cada 25 londinenses estaría infectado por esta variante.

Ante la petición de Europa, el Ministerio de Sanidad se apresuró a hacer público esta semana un protocolo para incluir el rastreo y análisis de las mutaciones en el genoma del SARS-CoV-2 en la estrategia contra la pandemia. Según lo anunciado, para la identificación y seguimiento de las variantes que circulan en nuestro país se establecerá al menos un laboratorio en cada autonomía, que deberá analizar un número representativo de muestras escogidas de forma aleatoria.

No de hoy para mañana

El 80% de ellas debe provenir de la atención primaria y el 20% de Hospitalaria. Sanidad propone analizar entre el 1% y el 2% de los casos diagnosticados, que «deberán ir incrementándose según las capacidades de la comunidad». Esto significaría, con los datos del viernes pasado, que España debería analizar entre 1.887 y 3.774 genomas, esto es, el doble de lo que se hace actualmente. Pero ¿es viable? ¿Cuánto tiempo podría llevar este salto cuantitativo?

Se lo preguntamos a Fernando González Candelas, codirector del consorcio encargado de secuenciar el mayor número de muestras en España, en el que están involucrados 40 hospitales y varios de los centros de investigación más punteros en nuestro país. «Por nuestra parte, estamos encantados de que la secuenciación del genoma del virus haya pasado a considerarse una prioridad pero, lamentablemente, las cosas no se consiguen de hoy para mañana. Esta área es muy complicada, no solo requiere de una gran inversión en tecnología y personal, sino que de un engranaje que no existe en España». «Respecto a cuánto se puede tardar, si el objetivo es el 1%, quizá se pueda alcanzar en un par de meses, pero si es el 2%, significa doblar la cantidad de muestras que se analizan, y eso es un salto importante».

González Candelas pone como ejemplo la integración de la medicina genómica en el diagnóstico del cáncer en los hospitales, un servicio que ahora es una realidad en los centros de referencia de nuestro país, pero no lo era hace cinco o diez años. Con el virus pasa algo parecido, la mayoría de los hospitales están preparados para el diagnóstico y el tratamiento de los casos, pero no para identificar la secuencia genética de cada uno de ellos. Mayormente, porque esto no ha sido una necesidad hasta ahora, ya que la presencia de una u otra variable en una persona no definía el tratamiento, que es el mismo para todos los casos.

Cataluña se suma a secuenciar

Hasta la fecha se han detectado 79 casos de la variante británica en Cataluña, pero se prevé que sea la mayoritaria en cuatro semanas, según afirma Josep María Argimon, secretario de Salud Pública de la Generalitat. Por ello, han puesto en marcha el consorcio formado por cuatro hospitales - Valle de Hebrón, Bellvitge, Germans Trias y Clínic - para encargarse de la tarea de secuenciación y trabajar en dos grandes vías: por un lado, hacer la detección de las tres variantes para ver cómo están evolucionando mediante un cribado inicial con una PCR “diferencial”, en la que se detecta el gen de la espícula; y, por el otro, controlar y estudiar las posibles nuevas variantes que vayan apareciendo.

Reino Unido ofrece su ayuda

Ante el temor a que las nuevas cepas, fundamentalmente la brasileña y la sudafricana, puedan, potencialmente, hacer que el SARS-COV-2 se expanda más rápido, con el consiguiente colapso de los hospitales (que, irremediablemente, derivaría en más muertes) o puedan mostrar cierta resistencia a las actuales vacunas, Reino Unido ha anunciado que ofrecerá su “experiencia y capacidades” a países de todo el mundo. El ministro de Sanidad, Matt Hancock, ha anunciado la creación de una Plataforma de Reconocimiento de Nuevas Variantes que dependerá del sistema público de Inglaterra (PHE) y colaborará con la Organización Mundial de la Salud (OMS) para poner a disposición de otros países laboratorios británicos y personal especializado, así como recursos académicos.