Lo que hace mal España para perder el rastro de Ómicron

Las escasas pruebas realizadas de secuenciación frena detectarla antes

Secuenciación genoma COVID
Secuenciación genoma COVID FOTO: Teresa Gallardo

Los últimos hallazgos científicos referentes a la potencial ventaja de superinfecciosidad y la seguridad de que el linaje Ómicron haya estado circulando desde hace meses sin haber sido detectado han puesto en evidencia los esfuerzos llevados a cabo por algunos gobiernos en lo que respecta a la detección de casos mediante secuenciación genómica. No es precisamente el el caso de nuestro país. Los especialistas, contrastando los porcentajes de positividad con los de muestras secuenciadas, aseguran que no se están haciendo pruebas suficientes para tener una imagen completa de la situación real que atravesamos. De hecho, estamos por debajo de países como Portugal o Italia. Los expertos advierten que, si el sistema no es capaz de identificar las cadenas de transmisión, la pandemia estará descontrolada. Es decir, implicará la pérdida del rastro del virus.

Según los datos facilitados el 7 de diciembre por el Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias del Ministerio de Sanidad de la información disponible en el Sistema de Vigilancia en España (SiViEs), desde el 23 de agosto al 21 de noviembre, el porcentaje medio de muestras secuenciadas sobre el total de casos detectados en España ha sido del 6,7 %. Este dato está dentro de los márgenes de muestreo que dicta el protocolo aprobado en enero de 2021 por Sanidad y que se deriva del comunicado de la Comisión Europea en el que insta a los países a incrementar la tasa de secuenciación para identificar la progresión de las variantes o detectar nuevas. Se pidió a los Estados secuenciar al menos el 5%, y preferiblemente el 10%, de los resultados positivos de las pruebas de covid, minimizar los retrasos en los resultados y garantizar que estos datos se compartieran para realizar comparaciones.

Secuenciación genoma COVID
Secuenciación genoma COVID FOTO: Teresa Gallardo

Sanidad integró la secuenciación genómica dentro del sistema de vigilancia epidemiológica estableciendo que el porcentaje de muestras secuenciado debería variar en función de la incidencia. Así, la regla de muestreo establecía un mínimo de alrededor del 5% en periodos de alta incidencia (la acumulada a siete días mayor de 250/100000) hasta aproximarse al 100% en periodos de incidencia muy baja (por debajo de una incidencia acumulada a siete días de menos de 10/100000).

Los especialistas que afirman que nuestro país corre el riesgo de perder el control de la extensión de la enfermedad se basan en que este 7,2% de muestras secuenciadas es insuficiente dada la tasa de positividad que se recoge a nivel nacional. Este indicador permite conocer la situación pandémica. En enero, en pleno pico de la tercera ola, la positividad llegó a alcanzar un 15 %. Sin embargo, en línea con la recomendación de la OMS, el Gobierno se marcó como objetivo que esa positividad se rebajara al 4 %. Este sigue siendo un objetivo pendiente. El miércoles, el porcentaje de positividad se situaba en un 8,4%. «Con el incremento de la incidencia, aumentan las pruebas que arrojarán un resultado positivo. El hecho de que un 8,4% de los casos están dando positivo significa que se están haciendo pocos test, que nos estamos quedando atrás con el ritmo de muestreo, por lo que no es posible tener una radiografía real de la situación para tomar decisiones contra la pandemia», asegura el genetista Rubén Moreno.

La aparición de variantes genéticas es algo normal en un virus. La vigilancia de estas variantes permite a los investigadores y a las autoridades de salud pública determinar si las mutaciones emergentes están haciendo que el virus sea más contagioso, más potente o resistente a las vacunas y medicamentos existentes. Para identificarlas, la secuenciación del genoma es clave.

No obstante, la capacidad de secuenciación es diferente de unos países a otros. Los porcentajes de ésta de Islandia (26,9%) o Dinamarca (18,4%) ponen de manifiesto la baja capacidad de secuenciación de España (0,54%), según los datos de la Universidad Johns Hopkins.

El gráfico permite ver el número de muestras analizadas y el porcentaje de casos que cada país ha secuenciado. Los países que están secuenciando una gran proporción de sus casos están aportando una contribución fundamental a la capacidad mundial de detectar y rastrear variantes. Las diferencias de secuenciación entre los países dificultan la determinación de la prevalencia real de las variantes.

En España, se realiza un muestreo representativo aleatorizado en el que se selecciona un subconjunto de una población de interés, representativo de la situación de esa población. De las muestras secuenciadas, el 80% proceden de Atención Primaria.

Para la vigilancia del SARS, la secuenciación se realiza en los laboratorios designados en cada CC AA por el Centro Nacional de Microbiología. «Los laboratorios secuencian en función del ritmo de trabajo y del dinero que tienen. De ahí que a veces se hagan pocos test y que haya importantes retrasos», remacha el doctor Joan Carles March, especialista en Salud Pública y Medicina Preventiva.