Era en enero de 2011 cuando la entonces jueza de Instrucción número 6 de Sevilla, Mercedes Alaya, comenzaba la investigación del caso de los ERE. El origen se centraba en la investigación de Mercasevilla, donde se detectó la existencia de algún «intruso». A partir de ahí, el 9 de enero de 2011 abría unas nuevas diligencias al constatar que existían más «intrusos» en empresas afectadas por expedientes de regulación de empleo que recibieron una importante cantidad de dinero público. Era el origen de lo que finalmente derivó, en palabras de José Antonio Griñán tras su comparecencia ante el Tribunal Supremo, un «gran fraude».

A partir de ese momento, se sucedieron las imputaciones por parte de Alaya, centrándose en un primer momento las pesquisas en el ex director general de Trabajo, Francisco Javier Guerrero, y los ex consejeros de Empleo. De hecho, sólo Guerrero y el ex responsable de Empleo Antonio Fernández ingresaron en prisión provisional. Altos cargos de la Junta de Andalucía, todos ellos del PSOE, se veían en el epicentro de lo que cada vez se vislumbraba como algo más que meras irregularidades en la concesión de esas ayudas sociolaborales. La Comisión Parlamentaria que se creó en el Parlamento andaluz, controlada por el PSOE, sólo apuntó a Guerrero como el principal responsable político de todo el entramado que se había creado.

Sin embargo, pese a algunas trabas a la magistrada, Alaya continuó con su línea y el 2 de julio de 2013 se producía un hecho relevante: Imputaba a 20 cargos y ex altos cargos de la Junta de Andalucía a los que responsabiliza «del dispendio continuado de fondos públicos»que sirvieron para financiar la partida de los ERE; mediante un sistema con el que la Administración andaluza habría maquillado de manera presuntamente fraudulenta la concesión de subvenciones. Entre esas imputaciones estaba la de la ex consejera de Economía y Hacienda - y ex ministra socialista de Trabajo- Magdalena Álvarez, aquien responsabilizaba directamente de haber sido quien dictó «las normas en las que se recogía el concepto presupuestario de las transferencias de financiación». Y, junto a ella, imputaba también a Antonio Lozano, que fue director general de Presupuestos desde el 21 de abril de 2002 hasta el 26 de abril de 2009, y Juan Manuel Gómez, el ex interventor general de la Junta de Andalucía que advirtió en sus informes de las posibles irregularidades que se estaban cometiendo. En ese auto, Alaya daba una de las claves de este caso: Permitir desde la Junta de Andalucía la creación de un sistema con el que la Administración andaluza habría maquillado de manera presuntamente fraudulenta la concesión de subvenciones a empresas sometidas a expedientes de regulación de empleo.

Chaves y Griñán en el centro del escándalo

Otro dato relevante relacionado con los anteriores es que José Antonio Griñán sustituyó a Magdalena Álvarez como consejero de Economía y Hacienda en 2004 y permaneció en el mismo durante cinco años. Durante ese tiempo, Griñán, según hacía constar la instructora, siguió desarrollando las mismas prácticas que su antecesora. Se cerraba el círculo para quien entonces era ya presidente de la Junta de Andalucía. Ello derivó en que el 27 de agosto de 2013 Griñán dimitiese como presidente de la Junta, para proteger al Ejecutivo andaluz de la "erosión" que producía este escándalo. Le sustituyó Susana Díaz, entonces consejera de Presidencia y la persona que le generaba más confianza. Susana Díaz permaneció en el cargo hasta que ha sido relevado por Juan Manuel Moreno, tras las últimas elecciones autonómicas.

Un mes después de esa dimisión, Mercedes Alaya aceleraba la instrucción y pretendió imputar a Chaves y Griñán, lo que fue rechazado por la Audiencia Nacional. Sin embargo, era cuestión de tiempo de que ello llegase. Y así fue. En noviembre de 2014, el Tribunal Supremo admitía a trámite la exposición razonada de la magistrada y decidía investigar a los entonces aforados nacionales: Manuel Chaves, José Antonio Griñán, Gaspar Zarrías y Mar Moreno. Todos ellos dejaron sus escaños en el Congreso y Senado tras las imputaciones.

De esa forma, el 9 de febrero de 2015 José Antonio Griñán comparecía en el Tribunal Supremo y admitía que «hubo un gran fraude y eso significa que algunos de los controles pudieron fallar», pero negaba la existencia de plan alguno orquestado para ese fin.

Poco meses después, el 14 de abril, le tocaba el turno a Manuel Chaves, quien se desvinculó completamente de todo el escándalo: «En los 19 años en los que yo he sido presidente de la Junta de Andalucía nunca jamás se ha adoptado en el Consejo de Gobierno ninguna ilegalidad».

Al dejar sus escaños, el Supremo abandona la investigación y ésta pasa nuevamente a los juzgados de Sevilla. En esas fechas, la jueza Alaya había dejado su puesto al obtener plaza en la Audiencia Provincial, Le sustituyó María Núñez Bolaños, quien pidió la plaza pocas horas antes de que el CGPJ cerrara el plazo. Al mes de llegar al juzgado, Bolaños divide la causa en tres piezas, una de ellas la política, por la que han sido juzgados los ahora sentenciados.

A la vista del volumen y complejidad de la causa se había nombrado a un juez de refuerzo, Álvaro Martín, quien en junio de 2016 finalizaba la instrucción y dictaba el correspondiente auto de procesamiento, ratificado posteriormente por la Audiencia de Sevilla. Se entraba así en la fase del inicio del juicio oral.