Los cerebros de la big data de la covid

Hace un año, el médico internista José Manuel Ruiz junto a Mario García, jefe del servicio de Farmacia del Hospital de Fuenlabrada, en Madrid, se miraban asombrados de lo que tenían entre manos. «Era algo megalómano», dice el primero. «Una megaconstrucción», afirma el segundo. Se trataba de una idea todavía incipiente cuyo objetivo era aunar todos los datos clínicos de los pacientes covid en una única base de datos que les permitiera predecir el comportamiento del virus, gestionar a nivel hospitalario su impacto y abrir nuevas vías de investigación. La idea sonaba perfecta pero su aplicación resultaba compleja. Hasta el momento, ningún hospital había llevado a cabo semejante tarea. Ellos, al ser un centro de tamaño medio, contaban con la ventaja de poder gestionar los millones de datos con (cierta) mejor holgura que los grandes.

Enseguida apareció Luis Antonio Lechuga, técnico superior en sistemas de información, que fue quien dio con la clave de cómo comenzar a hacer real la idea de los sanitarios. «Al principio se utilizó como referencia un sistema genérico de recogida de datos que utilizan los farmacéuticos, pero pronto cambiamos a un software libre que nos permitía hacerlo más ágil.

10 millones de datos clínicos

Así surgió «Fuencovid», que fue implementada como una instancia de la plataforma i2b2 adaptada a proyectos de investigación», relata el experto. La fase incipiente fue la clínica, es decir, determinar cuántas variables se debían recopilar: «Se determinaron que eran necesarias 800 por paciente, más los datos de laboratorio, rayos, etcétera. En este momento tenemos más de diez millones de datos clínicos registrados», añade el médico internista Ruiz Giardin.

Esto implica un almacenamiento de más de 10 GB de datos reales. Y es que a Luis Antonio Lechuga le gusta más hablar de «real data» más que de «big data», «porque no son valores aislados sino que responden a la realidad de pacientes». Hasta el momento, en el Hospital de Fuenlabrada han registrado 12.000 pacientes covid, 4.000 de ellos con necesidad de ingreso.

«Esta base de datos que hemos creado y que sigue creciendo es algo inédito, no conozco ningún otro hospital que haya hecho algo igual. La implementación no ha sido sencilla ya que requiere una nueva manera de gestionar y recoger datos. Ahora mismo, apuntar esas 800 variables de cada paciente como puede se la hipertensión o si es diabético, no nos lleva más de ocho minutos, pero al principio era más tedioso. Hubo que hacer mucha formación y refuerzo positivo ya que implicaba un esfuerzo más en mitad de una pandemia que nos tenía a todos agotados», apunta el internista.

Así, los datos que se recogen de cada paciente están codificados con un número independiente de su historia clínica para garantizar la privacidad. «Se trata de un estudio no intervencionista. Además, ha pasado todos los controles éticos antes de comenzar su aplicación», añade.

Evitar sesgos

Para Mario García, el farmaceútico de este «trío de cerebros de la big data», esta base de datos supone un hito en cuanto a colaboración intrahospitalaria. Hay más de 100 profesionales implicados en el proyecto de manera directa «y hemos tenido numerosas reuniones. Inicialmente había varias durante la semana, incluso llenábamos el salón de actos. Ahora que está en marcha requiere seguimiento, pero todas las partes conocen ya su proceso. Supone una manera colaborativa de atender al paciente, es un diseño con horizonte. Yo lo veo de gran utilidad a medio y largo plazo».

Este sanitario reconoce que «Fuencovid» no «supondrá el ser pioneros en cuanto a descubrir cómo tratar el covid y estratificar el riesgo», pero sí impulsa un cambio disruptivo en cuanto al funcionamiento del centro. «Es más, nuestra intención es ampliarlo con el tiempo no solo a cuestiones de covid, sino también a otras áreas como el cáncer», asevera.

En cuanto la aplicación y resultados prácticos que hasta el momento ya les ha servido de ayuda esta big data, Ruiz Giardin desvela que ha sido fundamental «por ejemplo, para saber, en laboratorio, si determinados valores como la ferritina son necesarios a la hora de pedirlos cuando un paciente ingresa en urgencias». También ha sido clave en la gestión del «reservorio» es decir en cuanto a las tasas límite de oxígeno que determinan si un paciente debe pasar a UCI o no.

«Con esta base de datos sabemos que el 50% de los pacientes que entran en la UCI lo hacen durante las primeras 48 horas de ingreso y el 90% los primeros seis días. De este modo puedes realizar una estimación sobre lo que ocurrirá en las próximas horas. Todo ello gracias al registro unificado de todas estas variables en la base de datos que hemos creado».

Enfrentarse a lo desconocido

Esta visión global del paciente covid que queda registrada en el sistema «cambia totalmente la forma que teníamos de trabajar. Es más pautada y con menos texto libre. Eso sí, acumula tanta información que es necesario ser ordenada y analizada con precisión», apunta García.

El experto en sistemas confiesa que la mayor inversión que se ha necesitado, además del esfuerzo humano de horas extra volcados en el proyecto, ha sido la contratación de un ingeniero biomédico: «Era altamente necesario para que esto funcionara. Así que lo planteamos a la dirección y aceptó. Barajamos a dos o tres candidatos que tuvieran el grado de ingeniería biomédica y se le contrató con la única misión de volcarse en el proyecto», apunta Luis Antonio.

«Esta visión de apostar por los sistemas de información es fundamental. La dirección del hospital podría haber desechado nuestra propuesta y haber optado, por ejemplo, por la contratación de más sanitarios, que por supuesto son siempre necesarios. Pero en esta ocasión comprendieron el valor de lo que teníamos entre manos y es de agradecer», añade el jefe del servicio de Farmacia.

En cuanto a la parte clínica, José Manuel Ruiz apunta que otra de las claves de esta plataforma que ya está en pleno rendimiento, «es evitar cualquier sesgo de interpretación, ceñirnos a la estructura marcada y por supuesto, ir mejorándola y adaptándola según evoluciona la enfermedad. Hay que tener en cuenta que nos enfrentamos a un virus desconocido sobre el que no está todo escrito y no se puede dar nada por definitivo», concluye.