El IRB Barcelona se alía con Amazon para acelerar el descubrimiento de fármacos

El coronavirus ha descubierto también a la ciudadanía que el desarrollo de fármacos para combatir enfermedades es un proceso laborioso y que implica muchos esfuerzos. Saber cómo interactúa una molécula con el organismo es crucial a la hora de valorar el potencial terapéutico de un nuevo medicamento. Un fármaco suele ser una molécula orgánica que interactúa con uno o varios receptores de proteínas del cuerpo y desencadena una cascada de acciones en las rutas biológicas. En el caso del coronavirus, muy resumidamente, se sabe que el SARS-CoV-2 utiliza la proteína ACE2 para “engancharse" y entrar en la célula. Para facilitar a los investigadores qué camino han de seguir para desarrollar una terapia, el laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes (SBNB) del Institut de Recerca Biomèdica (IRB) de Barcelona ha creado el “Chemical Checker”. Se trata de una herramienta ‘online’ de libre acceso que proporciona información sobre los efectos de más de un millón de compuestos en una amplia gama de entornos biológicos. La idea es acelerar el descubrimiento de fármacos.

Detrás de este invento está Patrick Aloy, investigador ICREA. “Visualizamos muchas aplicaciones con el Chemical Checker en el proceso de descubrimiento de nuevos fármacos (...) Proporcionamos un amplio abanico de datos de moléculas pequeñas, que van más allá de la información química, ofreciendo nuevas perspectivas para explorar su potencial terapéutico", resume.

El Chemical Checker se basa en lo que los científicos llaman “principio de similitud”, que quiere decir que los compuestos similares no solo muestran propiedades químicas análogas, sino que también muestran un comportamiento biológico similar. De esta manera, las moléculas que tienen perfiles se sensibilidad celular similares o que provocan efectos secundarios parecidos, suelen tener el mismo mecanismo de acción, incluso cuando sus estructuras químicas parecen no estar relacionadas.

La idea del “principio de similitud” no es nueva. Ha ayudado a descubrir nuevos fármacos. La evidencia demuestra que más allá de las similitudes químicas entre compuestos, las equivalencias biológicas, que pueden pasar desapercibidas, desvelan semejanzas relevantes clínicamente.

El Chemical Checker proporciona información de las moléculas a cinco niveles. A nivel químico, sobre como interactua con los objetivos del organismo, sobre las redes que desencadena esta interactuación, sobre los resultados que se observan en ensayos celulares y sobre los efectos clínicos.

La revista “Nature Biotechnology” se ha hecho eco del Chemical Checker que ha dado lugar a una colaboración con Amazon para generar una base de datos de libre acceso al alcance de investigadores de todo el mundo con información de una amplia cartera de moléculas que tienen potencial para combatir el SARS-CoV-2. Para facilitar el acceso a los datos, el laboratorio SBNB ha creado un recurso en la red “https//:chemicalchecker.org”. Permite a los usuarios hacer búsquedas de similitud para un compuesto determinado en los 25 espacios de bioactividad del Chemical Checker.

Este equipo ya ha demostrado el potencial de esta herramienta en el desarrollo de terapias contra el Alzheimer. Ha conseguido revertir alteraciones genéticas propias del Alzheimer, in vitro, utilizando medicamentos aprobados y compuestos experimentales.